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Identificação de Potenciais Biomarcadores Cruciais em IAMCSST por Meio de Análise Bioinformática Integrada
ABC
Artigo Original

Identificação de Potenciais Biomarcadores Cruciais em IAMCSST por Meio de Análise Bioinformática Integrada

Li-Zhi Zhao et al. Yi Liang Ting Yin Hui-Ling Liao Bo Liang

Resumo

Fundamento

O infarto do miocárdio com elevação do segmento ST (IAMCSST) é uma das principais causas de doenças cardiovasculares fatais, que têm sido a principal causa de mortalidade em todo o mundo. O diagnóstico na fase inicial beneficiaria a intervenção clínica e o prognóstico, mas ainda falta a exploração dos biomarcadores do IAMCSST.

Objetivos

Neste estudo, conduzimos uma análise bioinformática para identificar potenciais biomarcadores cruciais no progresso do IAMCSST.

Métodos

Obtivemos GSE59867 para pacientes com IAMCSST e doença arterial coronariana estável (DACE). Genes diferencialmente expressos (GDEs) foram selecionados com o limiar de |log2fold change| > 0,5 e p < 0,05. Com base nesses genes, conduzimos análises de enriquecimento para explorar a relevância potencial entre genes e para rastrear genes centrais. Posteriormente, os genes centrais foram analisados para detectar miRNAs relacionados e DAVID para detectar fatores de transcrição para análise posterior. Finalmente, o GSE62646 foi utilizado para avaliar a especificidade dos GDEs, com genes demonstrando resultados de AUC superiores a 75%, indicando seu potencial como candidatos a biomarcadores. Posteriormente, os genes centrais foram analisados para detectar miRNAs relacionados e DAVID para detectar fatores de transcrição para análise posterior. Finalmente, o GSE62646 foi utilizado para avaliar a especificidade dos GDEs, com genes demonstrando resultados de AUC superiores a 75%, indicando seu potencial como candidatos a biomarcadores.

Resultados

133 GDEs entre DACE e IAMCSST foram obtidos. Em seguida, a rede PPI de GDEs foi construída usando String e Cytoscape, e análises posteriores determinaram genes centrais e 6 complexos moleculares. A análise de enriquecimento funcional dos GDEs sugere que as vias relacionadas à inflamação, metabolismo e imunidade desempenham um papel fundamental na progressão de DACE para IAMCSST. Além disso, foram previstos miRNAs relacionados, has-miR-124, has-miR-130a/b e has-miR-301a/b regularam a expressão do maior número de genes. Enquanto isso, a análise dos fatores de transcrição indica que EVI1, AML1, GATA1 e PPARG são os genes mais enriquecidos. Finalmente, as curvas ROC demonstram que MS4A3, KLRC4, KLRD1, AQP9 e CD14 exibem alta sensibilidade e especificidade na previsão de IAMCSST.

Conclusões

Este estudo revelou que imunidade, metabolismo e inflamação estão envolvidos no desenvolvimento de IAMCSST derivado de DACE, e 6 genes, incluindo MS4A3, KLRC4, KLRD1, AQP9, CD14 e CCR1, poderiam ser empregados como candidatos a biomarcadores para IAMCSST.

  • Biologia Computacional
  • Biomarcadores
  • Doença da Artéria Coronariana
  • Infarto do Miocárdio sem Supradesnível do Segmento ST
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Creative Commons Attribution (CC BY) Creative Commons license
05/04/2024 DOI: 10.36660/abc.20230462 Visualizações 8
Abordagem de Bioinformática e Biologia de Sistemas para Identificar a Ligação Patogenética entre Insuficiência Cardíaca e Sarcopenia
ABC
Artigo Original

Abordagem de Bioinformática e Biologia de Sistemas para Identificar a Ligação Patogenética entre Insuficiência Cardíaca e Sarcopenia

Rui Xu et al. Ling-ling Ma Shuai Cui Ling Chen Hong Xu

Resumo

Fundamento

Apesar das evidências crescentes de que pacientes com insuficiência cardíaca (IC) são suscetíveis à sarcopenia, o motivo da associação não é bem compreendido.

Objetivo

O objetivo deste estudo é explorar ainda mais o mecanismo molecular de ocorrência desta complicação.

Métodos

Conjuntos de dados de expressão gênica para HF (GSE57345) e Sarcopenia (GSE1428) foram obtidos do banco de dados Gene Expression Omnibus (GEO). Genes diferencialmente expressos (DEGs) foram identificados usando pacotes ‘edgeR’ e “limma” de R, e suas funções foram analisadas usando Gene Ontology (GO) e a Enciclopédia de Genes e Genomas de Kyoto (KEGG). Redes de interação proteína-proteína (PPI) foram construídas e visualizadas usando Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes (STRING) e Cytoscape. Os genes hub foram selecionados usando o plugin cytoHubba e validados com GSE76701 para IC e GSE136344 para Sarcopenia. As vias relacionadas e os mecanismos moleculares dos genes hub foram realizados pela análise de enriquecimento de genes (GSEA). As análises estatísticas foram realizadas no software R. P < 0,05 foi considerado estatisticamente significativo.

Resultados

Foram encontrados 114 DEGs comuns. As vias relacionadas ao fator de crescimento, secreção de insulina e cGMP-PKG estavam enriquecidas tanto na IC quanto na sarcopenia. Descobriu-se que CYP27A1, KCNJ8, PIK3R5, TIMP2, CXCL12, KIT e VCAM1 são genes hub significativos após validação com GSEA enfatizando a importância dos genes hub na regulação da resposta inflamatória.

Conclusão

Nosso estudo revela que a IC e a Sarcopenia compartilham vias e mecanismos patogênicos comuns. Estes achados podem sugerir novas direções para pesquisas futuras sobre a patogênese subjacente.

  • Biologia Computacional
  • Genes
  • Insuficiência Cardíaca
  • Sarcopenia
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Creative Commons Attribution (CC BY) Creative Commons license
27/10/2023 DOI: 10.36660/abc.20220874 Visualizações 6

Como citar este artigo

EndNote RIS

Formato de Documento Eletrônico (Vancouver)

Zhao L, Liang Y, Yin T, Liao H, Liang B. Identificação de Potenciais Biomarcadores Cruciais em IAMCSST por Meio de Análise Bioinformática Integrada. Arquivos Brasileiros de Cardiologia 2024;121(2):e20230462.

Formato de Documento Eletrônico (ABNT)

Zhao, Li-Zhi; Liang, Yi; Yin, Ting; Liao, Hui-Ling; Liang, Bo. Identificação de Potenciais Biomarcadores Cruciais em IAMCSST por Meio de Análise Bioinformática Integrada. Arquivos Brasileiros de Cardiologia, v. 121, n. 2, e20230462, abr. 2024.

Formato de Documento Eletrônico (APA)

Zhao, L., Liang, Y., Yin, T., Liao, H., & Liang, B. (2024). Identificação de Potenciais Biomarcadores Cruciais em IAMCSST por Meio de Análise Bioinformática Integrada. Arquivos Brasileiros de Cardiologia, 121(2), e20230462.

Formato de Documento Eletrônico (ISO)

Zhao, Li-Zhi and Liang, Yi and Yin, Ting and Liao, Hui-Ling and Liang, Bo. Identificação de Potenciais Biomarcadores Cruciais em IAMCSST por Meio de Análise Bioinformática Integrada. Arquivos Brasileiros de Cardiologia [online]. 2024, vol. 121, n. 2, [citado 2026-11-15], e20230462. Disponível em: <https://journals.cardiol.br/article/identificacao-de-potenciais-biomarcadores-cruciais-em-iamcsst-por-meio-de-analise-bioinformatica-integrada/>. ISSN 0066-782X

EndNote RIS

Formato de Documento Eletrônico (Vancouver)

Xu R, Ma L, Cui S, Chen L, Xu H. Abordagem de Bioinformática e Biologia de Sistemas para Identificar a Ligação Patogenética entre Insuficiência Cardíaca e Sarcopenia. Arquivos Brasileiros de Cardiologia 2023;120(10):e20220874.

Formato de Documento Eletrônico (ABNT)

Xu, Rui; Ma, Ling-ling; Cui, Shuai; Chen, Ling; Xu, Hong. Abordagem de Bioinformática e Biologia de Sistemas para Identificar a Ligação Patogenética entre Insuficiência Cardíaca e Sarcopenia. Arquivos Brasileiros de Cardiologia, v. 120, n. 10, e20220874, out. 2023.

Formato de Documento Eletrônico (APA)

Xu, R., Ma, L., Cui, S., Chen, L., & Xu, H. (2023). Abordagem de Bioinformática e Biologia de Sistemas para Identificar a Ligação Patogenética entre Insuficiência Cardíaca e Sarcopenia. Arquivos Brasileiros de Cardiologia, 120(10), e20220874.

Formato de Documento Eletrônico (ISO)

Xu, Rui and Ma, Ling-ling and Cui, Shuai and Chen, Ling and Xu, Hong. Abordagem de Bioinformática e Biologia de Sistemas para Identificar a Ligação Patogenética entre Insuficiência Cardíaca e Sarcopenia. Arquivos Brasileiros de Cardiologia [online]. 2023, vol. 120, n. 10, [citado 2026-11-15], e20220874. Disponível em: <https://journals.cardiol.br/article/abordagem-de-bioinformatica-e-biologia-de-sistemas-para-identificar-a-ligacao-patogenetica-entre-insuficiencia-cardiaca-e-sarcopenia/>. ISSN 0066-782X

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