A microbiota intestinal (MI) é um importante mediador para diversas doenças, como diabetes, aterosclerose, hipertensão arterial, obesidade, câncer e doenças neuropsiquiátricas, incluindo Alzheimer, autismo e depressão. A MI é formada por uma variedade de bactérias, fungos, vírus e arqueas e sua principal função é facilitar a absorção e o metabolismo de alimentos (proteínas, gorduras e carboidratos). Um exemplo das múltiplas ações da MI é a relação bidirecional entre o intestino e o cérebro, o chamado “eixo intestino/cérebro”. Além disso, os metabólitos produzidos pela MI são capazes de induzir efeitos localmente ou à distância, o que sugere que o intestino é um órgão endócrino.

A MI é composta por trilhões de células – cerca de 10 vezes mais do que todas as células do organismo humano. Os filos Firmicutes (principalmente espécies de Clostridia) e Bacteroidetes representam cerca de 90% da MI, que também é composta por Actinobacteria, Proteobacteria e Verrucomicrobia.

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